目的本研究建立超效率模型计算某综合医院科室的科研工作效率, 与学科建设中科研工作评估结果进行统计学比较, 提出改进建议。方法考虑到科研投入与产出指标的特点, 采用DEA方法中的非导向SBM超效率模型, 对该院2019年47个科室科研效率进行计算;采用两组独立样本的t检验来比较超效率值有效和无效科室之间的学科建设评分差异。结果该院47个科室科研效率平均值为0.70, 效率最高为科研科室、最低为内科科室;DEA有效科室有18个、无效科室29个;在DEA无效科室中, 人力资源投入冗余平均1.13人, 科研经费投入冗余平均85.48万元;与当年学科建设中科研工作评价结果对比, 同一学科排名差异明显, 采用t检验结果显示, DEA有效和无效科室之间的学科建设评分差异无统计学意义;采用该模型计算2021年数据, 结果显示共21个科室DEA有效, 有效率42.86%。结论该院各科室科研效率差异较大, 整体效率有待提高;应根据科研效率不足的原因分析有针对性的进行提升;学科建设评估体系因未考虑投入情况等不足, 与超效率模型计算结果差异明显, 建议优化评估体系, 提高公平合理性;结果初步说明该模型能够对科室科研工作起到一定的正向引导作用。