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应用生物信息学数据挖掘探究胱硫醚β-合成酶和胱硫醚γ-裂解酶基因表达在肝癌不良预后中的预测价值

Exploration of cystathionine β-synthase and cystathionine γ-lyase gene expression poor prognostic predictive value with the application of bioinformatics data mining in liver cancer

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资源类型:
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收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心 ◇ CSCD-C ◇ 卓越:梯队期刊 ◇ 中华系列

机构: [1]首都医科大学宣武医院消化内科,北京100053 [2]首都医科大学附属北京佑安医院肝病消化科,北京100069
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关键词: 肝癌 生物信息学 数据挖掘 胱硫醚β- 合成酶 胱硫醚γ- 裂解酶

摘要:
目的 探究肝癌和胱硫醚β- 合成酶(cystathionine β-synthase, CBS)基因及 胱硫醚γ- 裂解酶(cystathionine-γ-lyase,CTH)基因的关系。 方法 通过挖掘GEO(gene expression omnibus)与TCGA(the cancer genome atlas)数据库,对肝癌的临床特征与CBS 及 CTH 基因表达进行了相关性分析。并通过对肝癌细胞系进行免疫印迹验证。 结果 CBS 及CTH 在肿瘤中的表达较非肿瘤明显降低(P < 0.05)。Cox 回归结果显示CBS 是肝细胞癌不良预后的独立 危险因素(HR = 0.65,P = 0.02)。针对CBS 基因对不同肿瘤分期进行单因素logistics 回归分析, 发现肝癌TNM 分期II 期比I 期(P =0.01,OR =0.50)、III 期比I 期(P =0.03,OR =0.56)、T 分 期T2 期比T1 期(P <0.01,OR =0.43)、T3 期比T1 期(P = 0.02, OR =0.54)CBS 基因显著降 低。肝癌TNM 分期III 期比I 期 (P = 0.01, OR =0.50), Edmondson 分期II 期比I 期 (P =0.03, OR =0.48), III 期比I 期 (P <0.01,OR =0.30), IV 期比I 期 (P = 0.03,OR =0.22)CTH 基因 表达显著降低。GSEA 富集分析结果显示,与肝癌细胞CTH 与CBS 基因表达相关性最高的信号通 路为细胞色素P450(FDR Q < 0.01,FWER P < 0.01)。免疫印迹结果显示,与人肝永生化细胞 系HL-7702 相比,HLE 和Hep3B 细胞等肝细胞癌细胞系中CTH 下游蛋白CSE 表达降低。 结论 肿瘤组织中的CBS 及CTH 基因表达低于正常组织。CBS 基因是肝细胞癌不良预后的独立危险因素。 与CBS 及CTH 基因关系最为密切的是信号通路为细胞色素P450 通路。

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第一作者机构: [1]首都医科大学宣武医院消化内科,北京100053
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