二代测序技术(next-generation sequencing,NGS)是相对于第一代DNA测序技术而言的新型测序手段.1977年Frederick Sanger发明了双脱氧链终止法核酸测序技术,使得基因测序成为可能,也成就了人类基因组测序的完成.Sanger测序法被称为第一代测序技术,其测序准确性高,在PCR产物、载体克隆测序等方面得到极为广泛地应用.但Sanger测序法也存在一些缺陷,如测序反应时间较长、测序通量低、成本高.为了解决这一问题,美国国立人类基因组研究所(The National Human Genome Research Institute,NHGRI)于2004年启动了NGS项目[1].2005年基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统被报道,开创了NGS的先河[2].NGS最大的优势在于通量高、成本较低、敏感性高,可以同时测定几百万甚至上亿条DNA或者RNA序列,大大加快了全基因组测序的速度,从而极大地降低单个碱基测序的成本.这完全改变了过去的研究模式,给人类和动植物基因组学、转录组学、宏基因组学研究等方面带来了全新的变化,并逐步深入到微生物学研究领域中.为提高对该技术的认识,现就NGS在临床微生物领域中的应用进行综述.