目的 应用数据包络分析法(DEA)评价首都医学发展科研基金(简称首发基金)临床医学联合攻关项目绩效.方法 从课题“首都医学发展科研基金总体分析与评价”提取临床医学联合攻关项目相关数据.以发表论文、出版著作及本科统编教材、获得成果、专利、培养人才、新技术、后续承担课题绩效得分为产出指标,以拨款为投入指标,以项目为评价单元,运用数据包络分析法((Data envelopment analysis,DEA)、MaxDEA 5.2软件评价项目绩效.结果 立项项目回收率为77.70％,有效率100.00％.在7类产出绩效得分中,新技术类产出、获得成果、专利产出平均绩效得分较低.115个项目中15个项目无产出,7个项目DEA有效.11个项目技术有效,20个项目规模有效.76个项目非技术有效也非规模有效.结论 2005年、2007年立项项目投入较为适宜;部分项目存在投入偏大,部分项目培养人才、出版著作、后续承担课题、发表论文和获得成果方面产出不足,增加论文发表数量及培养人才数量是提高项目绩效的途径之一.