目的：了解某公立医院各临床科室绩效奖金二次分配方案的合理性，分析亮点与不足，并提出改进建议。方法：将科室绩效奖金二次分配方案的合理性纳入科室绩效考核指标体系内，以P-CMM薪酬管理能力的评价指标为基础，建立科室绩效奖金二次分配方案合理性的评价指标，并通过差距分析法对各科室的分配方案进行打分。结果：全部科室的平均得分为3.87分，尚未达到比较符合的水平。其中在分配制度的完整性以及有明确的分配依据方面属于比较符合，在分配方案的激励性与公平性方面未达到比较符合水平。从具体科室来看，达到基准水平与未达基准水平的科室数量各占一半。结论：部分科室在设置主任基金或科室平台基金、通过岗位绩效考核确定绩效奖金、通过岗位价值评价确定绩效奖金系数三方面有较好经验，但从整体来看临床科室对于绩效奖金的管理能力以及二次分配方案的合理性有待进一步提升。医院需建立起绩效奖金分配的宏观指导与二次分配监管机制、加强科室管理人员培训与交流、引导科室进一步提升绩效奖金分配的精细化水平。