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全基因组甲基化差异分析发现OSBPL5甲基化异常可能在Silver-Russell综合征中有致病作用

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收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心 ◇ CSCD-C

机构: [1]国家儿童医学中心首都医科大学附属北京儿童医院内分泌遗传代谢科
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关键词: Silver-Russell综合征 印记基因 甲基化差异

摘要:
Silver-Russell综合征(SRS)是一组临床和遗传异质性疾病.主要临床表现为低出生体重、严重矮小、极低BMI、三角脸、肢体不对称等. SRS是表观遗传疾病的典型代表. 38%~62%患者有染色体11p15 IGF2-H19基因簇印记控制区1 (ICR1)低甲基化, 7%~10%患者有第7号染色体母源单亲二倍体(UPD7(mat)).另有约40%病因不清.本研究通过Illumina Methylation 450K芯片检测全基因组甲基化差异分析,旨在了解是否存在与SRS致病性相关的未知基因或印记基因,以及能否通过全基因组甲基化检测精细定位SRS低甲基化位置.选取临床确诊的7例SRS患儿,其中MLPA方法发现甲基化异常2例、未发现异常5例.年龄匹配的正常儿童5例作对照,通过Illumina 450K Infinium Methylation BeadChip芯片检测全基因组甲基化位点,并用经典的焦磷酸盐测序及数字PCR定量2种方法进行验证.甲基化位点探针筛选差异位点的标准同时满足:Adjust Pval≤0.05,如果Adjust Pval≥0.05,则参考校正之前的Pval,该数值需要≤0.05; case vs. control Beta-Difference不小于0.2.即|Beta-Difference|≥0.2.在484821个探针位点中共筛选出116个差异性甲基化位点.通过GO Pathway功能分析,本芯片研究再次证实经典的H19/IGF2低甲基化特征是SRS主要的表观遗传改变.并且发现1个位于染色体11p14印记基因OSBPL5的cg25963939位点,在实验组与正常对照组有最显著的甲基化差异(P=0.023,β值-0.243).经用经典焦磷酸盐测序及数字PCR定量分析两种方法进行验证,证实实验组与对照组OSBPL5的cg25963939位点的甲基化存在差异,提示与SRS致病性相关.本研究还发现, TGFβ3, HSF1, GAP43, NOTCH4, MYH14上述5个基因在实验组与对照组存在明显的甲基化差异,通过GO pathway功能分析,有可能与SRS致病相关.本研究通过全基因组甲基化芯片检测,焦磷酸盐测序及数字PCR定量两种方法验证,发现11p14的印记基因OSBPL5 5′UTR区cg25963939位点,有可能为SRS发病机制之一.本研究通过Illumina 450K Infinium高密度微阵列甲基化水平检测,再次证实SRS最主要的表观遗传甲基化改变最主要定位于11p1区.

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第一作者:
第一作者机构: [1]国家儿童医学中心首都医科大学附属北京儿童医院内分泌遗传代谢科
通讯作者:
通讯机构: [1]国家儿童医学中心首都医科大学附属北京儿童医院内分泌遗传代谢科
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