为了解肠病毒D68(EV-D68)在北京、上海地区严重急性呼吸道感染(SARI)儿童中的流行情况和分子特征.本研究采集2008～2010年北京儿童医院SARI儿童呼吸道样品259份,2013～2014年上海复旦大学附属儿科医院SARI儿童呼吸道样品441份,采用套式RT-PCR结合测序方法检测筛选EV-D68阳性样品,设计EV-D68全基因组通用引物,对EV-D68阳性样品进行全基因组扩增,收集NCBI核酸数据库中目前所有的EV-D68全基因组序列进行序列分析,比较EV-D68中国和美国流行株的差异.结果发现:北京地区检测EV-D68阳性样品1例,阳性率为0.4％,上海地区检测EV-D68阳性样品4例,阳性率为0.9％.结合目前中国已上传的所有EV-D68相关序列,分析表明:目前中国地区流行的EV-D68主要属于Clade A2或Clade B2亚型,不同于美国的Clade A1、Clade B1、Clade B4和Clade B5亚型,另外EV-D68部分基因进化分析时出现树形结构冲突现象;上述结果表明目前EV-D68在北京、上海地区的SARI儿童群体中的感染率较低(5/700;＜1％);中国与美国流行的EV-D68毒株属于不同的分支,差异较大,部分序列分析表明EV-D68病毒可能存在组内重组现象.