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结核分枝杆菌PPE家族蛋白CD4+T细胞泛宿主表位的计算机预测及其γ干扰素释放实验研究

Computational Prediction of Promiscuous CD4+ T-cell Epitopes from PPE Protein Family of Mycobacterium tuberculosis and IFN-γRelease Assays

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收录情况: ◇ 统计源期刊

机构: [1]首都医科大学附属北京儿童医院北京市儿科研究所呼吸感染疾病研究室国家临床医学中心儿科学国家重点学科教育部儿科重大疾病研究重点实验室儿童呼吸道感染性疾病研究北京市重点实验室北京100045
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关键词: 泛宿主表位 预测 MHC Ⅱ类分子 PPE家族蛋白 结核分枝杆菌 γ干扰素

摘要:
目的 利用计算机预测结核分枝杆菌PPE家族蛋白MHC-Ⅱ类分子限制性CD4+T细胞泛宿主表位,并利用γ干扰素释放实验进行体外验证.方法 利用网上数据库提取PPE家族全部蛋白序列.使用生物信息学软件包括SignalP4.1,SecretomeP 2.0,DAS和NetMHCII2.2等分析工具预测、筛选出MHC-Ⅱ类分子限制性CD4+T细胞泛宿主表位.最后利用γ干扰素释放实验进行合成肽段的体外实验验证其刺激激活CD4+T细胞的能力.结果 发现了34个泛宿主表位多肽,其中21个来自于PPE8蛋白,其余来自于PPE12、PPE21和PPE62蛋白.γ干扰素释放实验并未发现预测出的泛宿主表位多肽可刺激大量的CD4+T淋巴细胞产生IFN-γ的分泌,但来自于PPE8蛋白的两个泛宿主表位多肽可刺激少量的CD4+T淋巴细胞产生反应.结论 这些计算机预测出来的泛宿主表位多肽,尤其是来自PPE8蛋白的泛宿主表位多肽,可能是下一步亚单位疫苗或诊断性标志物的重要候选抗原.但仍需进一步扩大样本量进行验证.

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第一作者:
第一作者机构: [1]首都医科大学附属北京儿童医院北京市儿科研究所呼吸感染疾病研究室国家临床医学中心儿科学国家重点学科教育部儿科重大疾病研究重点实验室儿童呼吸道感染性疾病研究北京市重点实验室北京100045
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