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长链非编码RNA在人颅内动静脉畸形组织中差异表达的研究

Differential expression of long no-coding RNA in human intracranial arteriovenous malformation tissue

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资源类型:

收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心 ◇ CSCD-C ◇ 中华系列

机构: [1]首都医科大学附属北京朝阳医院 [2]100050首都医科大学附属北京天坛医院神经外科
出处:
ISSN:

关键词: 颅内动静脉畸形 基因表达谱 生物学过程 长链非编码RNA

摘要:
目的 应用Arraystar-LncRNA芯片探讨人颅内动静脉畸形(AVM)组织中长链非编码RNA(LncRNA)的差异表达.方法 选择首都医科大学附属北京天坛医院手术治疗的14例AVM患者的血管巢作为试验组标本,同一例患者的头皮血管或颞浅动脉段作为对照组标本.利用Arraystar-LncRNA芯片行LncRNA及mRNA表达谱分析.选取其中表达差异最大的8个LncRNA进行PCR验证.结果 经过筛选和验证发现,在可探测的28012个LncRNA中,与对照组比较,试验组表达上调≥2倍的有1931个,≥4倍的有450个;表达下调≥2倍的有1852个,≥4倍的有719个.21780个可探测的mRNA中,表达上调≥2倍的有1577个,≥4倍的有450个;表达下调≥2倍的有1699个,≥4倍的有681个.对mRNA进行的生物信息学和通路分析显示,试验组与对照组比较,FDXR、SYNE2、FCGR3A、NDUFS4、COX5A、OPA1、ETFA、LPL 8个代码的mRNA差异表达最明显,这些mRNA与线粒体电子呼吸链功能、细胞因子间作用、应激反应、脂蛋白脂肪酶及细胞骨架相关蛋白有关.对与这些mRNA相关的LncRNA进行PCR验证显示,代码ENST00000423394(P=0.03)、ENST00000444114 (P =0.01)、TCONS_00013855(P=0.01)、ENST00000452148(P=0.01)的4个LncRNA表达差异有统计学意义.结论 颅内AVM的发生、发展机制可能与线粒体NADPH氧化还原酶、脂蛋白脂肪酶、视神经萎缩相关蛋白相关的LncRNA表达下调有关.

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第一作者:
第一作者机构: [1]首都医科大学附属北京朝阳医院
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