目的 研究西藏自治区1999-2000年≤5岁儿童柯萨奇病毒A组9型(Coxsackie virus A9,CVA9)VP1区编码基因特征及其分子流行病学特点.方法 选取1999-2002年从西藏自治区＜15岁急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和≤5岁到儿童医院就诊儿童及部分健康儿童的659份粪便标本中分离的10株CVA9病毒,进行核糖核酸(RNA)提取,VP1编码区逆转录一聚合酶链反应(RT-PCR),PCR产物的核苷酸序列测定和分析.结果 共分离出10株CVA9病毒,其中3株是从1999年标本中分离到的;另7株是从2000年标本分离到的,其他年份未分离到CVA9.10株CVA9病毒VP1区基因全长都是906 bp,翻译的氨基酸全长为302aa.所测10株CVA9病毒序列之间同源性为79.0%～99.9%.所测序列与CVA9原型株-Griggs株相比,同源性为75.7%～78.7%.所构建的CVA9病毒遗传进化树将已知的CVA9病毒划分为2个组,西藏自治区分离的CVA9病毒分属于1,2组.结论 西藏自治区1999、2000年儿童中流行的CVA9为2个不同组,1999年流行的病毒属于2组,2000年流行的病毒属于1组,西藏自治区1999、2000年CVA9流行为不同组.2001-2002年未发现CVA9的持续流行.