目的 分析北京某三甲医院实行医药分开综合改革2年来的运行情况及改革效果.方法 采用自身同期对照法,对比改革前2年(2015年4月8日-2016年4月7日)、改革前1年(2016年4月8日-2017年4月7日)、改革后1年(2017年4月8日-2018年4月7日)与改革后2年(2018年4月8日-2019年4月7日)4个时间段的医疗数据,并对跨期变化情况进行配对t检验,从医疗服务、药费情况、收入结构等方面分析医院运行情况及改革效果.结果 改革后较改革前相比,门(急)诊量下降12.57％,出院人数上升17.34％;医疗收入稳定增长,药占比下降35.84％,门诊次均药品费及出院患者次均药品费分别下降32.10％和25.61％,差异均具有统计学意义.大型设备检查收入占比下降5.89个百分点,技术劳务收入占比上升28.76个百分点.结论 医药分开综合改革实现医疗机构的分级诊疗,三甲医院重点向救治疑难急重症患者转变;取消药品加成后医药分开效果显著,患者医药费负担明显下降;医院收入结构实现调整,技术劳务收入的提高有助于提高医务人员积极性,促使医院调整收入结构,加强精细化管理.