资源类型:
收录情况:
◇ 统计源期刊
◇ 北大核心
文章类型:
作者:
应超[1,2,3]
*
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蔡燕宁[1,2,3,4]
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郝淑文[1,2,3,5]
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王婷[1,2,3]
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刘沅贺[1,2,3]
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赵立芳[4]
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机构:
[1]首都医科大学宣武医院神经生物学研究室
科技平台
神经生物学研究室
首都医科大学宣武医院
[2]教育部神经变性病重点实验室
[3]国家老年疾病临床医学研究中心
[4]首都医科大学宣武医院临床样本中心
首都医科大学宣武医院
[5]河北医科大学第一医院神经内科
出处:
ISSN:
关键词:
游离DNA
提取试剂盒
核酸提取
摘要:
目的 综合评估3种游离核酸(cfDNA)提取试剂盒,以筛选出经济可靠的商品试剂盒。方法 我们使用了3种不同的试剂盒提取10名健康人血浆中的cfDNA,并使用Agilent 2100生物芯片分析仪对cfDNA片段大小和丰度进行评估。同时,我们还使用微滴式数字PCR(ddPCR)对cfDNA中的核糖核酸酶P蛋白亚基p30(RPP30)、NADH脱氢酶亚基1(ND1)、NADH脱氢酶亚基4(ND4)基因拷贝数进行定量,并利用实时荧光定量PCR(q PCR)检测cfDNA中藤黄节杆菌序列(ALU)ALU115和ALU247的浓度。此外,我们还在混合血浆中掺入50~766 bp的DNA Ladder,然后使用上述3种提取试剂盒对其进行提取,并使用Agilent 2100生物芯片分析仪分析各DNA片段的浓度,以计算不同试剂盒对不同大小的DNA片段的回收率和提取偏好性。结果 3种试剂盒从健康人血浆中纯化的100~300 bp cfDNA浓度分别为(5.10±1.99)、(4.64±3.09)和(1.82±1.29)ng/mL(P=0.006)。Kit A所提取的RPP30拷贝数显著高于Kit C(P=0.018),而Kit A和Kit B所提取的ND1和ND4拷贝数也均显著高于Kit C(P=0.001;P=0.001;P=0.001;P=0.001)。此外,Kit A所提取的cfDNA中,ALU 115和ALU 247的浓度也显著高于Kit C(P=0.009;P=0.003)。3种试剂盒对混合血浆中掺入的外源性DNA Ladder的回收率差异有统计学意义(P <0.001),同时Kit B和Kit C对不同大小的DNA片段也存在提取偏好性。结论 Kit A性能最佳,Kit B是一种低成本替代方案,其工作流程更简单省时。
基金:
国家重点研发计划(编号:2021YFC2501205)
第一作者:
第一作者机构:
[1]首都医科大学宣武医院神经生物学研究室
[2]教育部神经变性病重点实验室
[3]国家老年疾病临床医学研究中心
通讯作者:
通讯机构:
[1]首都医科大学宣武医院神经生物学研究室
[2]教育部神经变性病重点实验室
[3]国家老年疾病临床医学研究中心
[4]首都医科大学宣武医院临床样本中心
推荐引用方式(GB/T 7714):
应超,蔡燕宁,郝淑文,等.三种游离核酸提取试剂盒对血浆cfdna提取性能的比较[J].实用医学杂志.2023,39(12):1556-1563.