目的：探讨北京地区三甲医院和三级及以下医院神经内科住院医师在规范化培训第二阶段中临床技能考核通过率的差异，为制定更加科学的住院医师规范化培训流程和制度提供一定依据。方法对2010年~2015年北京地区45家医院266名神经内科住院医师第二阶段临床技能考核情况进行分析，分为三级甲等医院和三级及以下医院两组，其中三甲医院组118人、三级及以下医院组148人，对两组之间的总体通过率、病例分析通过率、辅助检查通过率分别进行比较。结果2010年~2015年6年间，北京地区神经内科住院医师培训参加第二阶段考核的住院医师总体通过率为79.70%，病例分析通过率为81.95%，辅助检查通过率为91.35%，并且每年的辅助检查通过率均较病例分析通过率高。三级甲等医院神经内科住院医师总体通过率和病例分析通过率较三级及以下医院高（P<0.05）；对两组2010年～2015年分年度比较，发现三甲医院总体通过率呈上升趋势，而三级及以下医院的总体通过率波动大，呈下降趋势。结论三级及以下医院神经内科住院医师临床技能通过率低，病例分析能力薄弱，非培训基地住院医师应有选择地进入专科培训基地进行第二阶段培训，重点加强对病例分析能力的培训。