目的 探讨16S rRNA基因扩增与测序在临床不常见病原菌鉴定中的价值,指导临床相关感染的诊治.方法 选择临床微生物实验室常规方法难以准确鉴定、无法鉴定或有特殊表型的细菌12株,采用聚合酶链反应(PCR)扩增其16S rRNA基因,测序后进行BLAST比对鉴定菌种,并分析相关感染的临床特点.结果 12株菌经PCR扩增均得到阳性条带(约1500 bp),均鉴定到种(相似度≥99%),分别为产单核细胞李斯特菌、马耳他布鲁杆菌各2株,死亡梭杆菌、空间罗氏菌、鼻疽奴卡菌、解糖葡萄球菌、放射性根瘤菌、二路普雷沃菌、解甘露醇罗尔斯顿菌及阴道阿托波菌各1株.16S rRNA基因扩增灵敏度高,大肠埃希菌ATCC 25922的最低检测限为1.5×101 CFU/mL.12例患者临床资料显示上述菌可引起临床多部位、多类型感染,选用针对性抗菌药物治疗后11例好转,1例死亡.结论 16S rRNA基因测序方法可快速、准确鉴定少见菌、厌氧菌及难培养细菌,为临床不同类型感染的病原学诊断和治疗提供实验室依据.