目的 研究西藏自治区1999-2000年≤5岁儿童埃柯病毒29型(Echovirus 29,ECHO29) VP1区编码基因特征及其分子流行病学特点.方法 选取1999-2002年从西藏自治区急性弛缓行麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和≤5岁到儿童医院就诊儿童及部分健康儿童的659份粪便标本中分离的7株ECHO29病毒,进行核糖核酸(RNA)提取,VP1编码区逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),PCR产物的核苷酸序列测定和分析.结果 共分离出7株ECHO29病毒,其中5株是从1999年标本中分离到的;另2株是从2000年标本分离到的,其他年份未分离到ECHO29.7株ECHO29病毒VP1区基因全长都是876 bp,翻译的氨基酸全长为292 aa.所测7株ECHO29病毒序列之间同源性为75.41％ ～ 99.3％.所测序列与ECHO29原型株JV-10相比,核苷酸同源性为77.1％ ～81.23％,氨基酸同源性为71.26％ ～ 79.69％.所构建的ECHO29病毒遗传进化树将已知的ECHO29病毒划分为4个基因型,西藏自治区的7株ECHO29病毒序列分别属于Genotype A和C.结论 首次报告的西藏自治区1999、2000年儿童中流行的ECHO29病毒为2个不同基因型,1999年流行的病毒属于Genotype C,2000年流行的病毒属于Genotype A,西藏自治区1999、2000年ECHO29病毒流行为不同基因型.2001-2002年未发现ECHO29病毒的持续流行.